Protestan Kiliseler Derneği, Türkiye’deki yerel Protestan Kiliseler arasındaki işbirliğini 1980’lerin sonlarında dönemin kilise önderlerinin bir araya gelmesi ile başlattı. Bir ‘Temsilciler Kurulu’ (TeK) olarak başlayan bu birlik 1990’lı yılların sonunda cemaatin büyümesi ve artan Hristiyanlık karşıtı yayın ve propagandalara karşı yapısal ivme kazandı. Zaman içinde Türkiye’de bulunan yerel Protestan Kiliselerin büyük kısmı bu birlik içinde yer aldı.

Eski dernek yasalarındaki sınırlamalar nedeniyle uzun yıllar TeK’in resmi makamlar önünde temsil sorunu olmuştur. Son yıllarda Dernekler Kanunu’nun değişmesi ile dernek kurulmasına karar verilmiştir. Protestan Kiliseler Derneği, İzmir merkezli olarak 23.01.2009 tarihinde 35-049-108 kütük numarası ile kurulmuştur.